GO（Gene Ontology）是基因本體聯(lián)合會（Gene Ontology Consortium）所建立的數(shù)據(jù)庫，旨在建立一個(gè)適用于各種物種的，對基因和蛋白功能進(jìn)行限定和描述的，并能隨著研究不斷深入而更新的語義詞匯標(biāo)準(zhǔn)，適用于各物種。通過建立一套具有動態(tài)形式的控制字集（controlled vocabulary），來描述基因及蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)所扮演的角色，從而來全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性。

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）數(shù)據(jù)庫是系統(tǒng)分析基因產(chǎn)物在細(xì)胞中的代謝途徑以及這些基因產(chǎn)物功能的數(shù)據(jù)庫。KEGG該數(shù)據(jù)庫有助于把基因及表達(dá)信息作為一個(gè)整體的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行研究。KEGG整合了基因組、化學(xué)分子和生化系統(tǒng)等方面的數(shù)據(jù)，包括代謝通路（PATHWAY）、藥物（DRUG）、疾病（DISEASE）、基因序列（GENES）及基因組（GENOME）等。

COG（Clusters of Orthologous Groups）數(shù)據(jù)庫是對基因產(chǎn)物進(jìn)行同源分類的數(shù)據(jù)庫，是一個(gè)較早的識別直系同源基因的數(shù)據(jù)庫，通過對多種生物的蛋白質(zhì)序列大量比較而來的。

為檢驗(yàn)所選取的差異表達(dá)蛋白質(zhì)或特征差異表達(dá)蛋白質(zhì)的合理性和準(zhǔn)確性，可以通過聚類分析將蛋白按照表達(dá)量的趨勢聚合在一起，可以實(shí)現(xiàn)更為直觀的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析。

STRING是收錄多個(gè)物種預(yù)測的和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作的數(shù)據(jù)庫，包括直接的物理互作和間接的功能相關(guān)。結(jié)合差異表達(dá)分析結(jié)果和數(shù)據(jù)庫收錄的互作關(guān)系對，構(gòu)建差異表達(dá)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)。分析過程中將差異表達(dá)蛋白映射到STRING數(shù)據(jù)庫中，獲得差異蛋白的相互作用關(guān)系信息。

隨著蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析技術(shù)的發(fā)展，蛋白質(zhì)組學(xué)分析儀器精度不斷提高，由此獲得的數(shù)據(jù)也更多。雖然詳細(xì)的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)信息有利于對蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)行更為深入的研究，但是高通量蛋白質(zhì)組學(xué)檢測生成的大量蛋白質(zhì)樣本數(shù)據(jù)也...

從以下4個(gè)方面對鑒定到的蛋白組數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評估：肽段匹配誤差分布；肽段數(shù)量分布；肽段長度分布；蛋白質(zhì)分子質(zhì)量分布

基于統(tǒng)計(jì)學(xué)數(shù)據(jù)提供更精準(zhǔn)的蛋白質(zhì)差異分析，以發(fā)現(xiàn)在不同生理狀態(tài)下和不同組織中的蛋白質(zhì)水平表現(xiàn)的顯著差異。